Il 30 agosto 1963, il Barone Mario Edoardo Cesare Confalonieri, afflitto da disturbi cardiaci sempre più preoccupanti, dispose nel suo testamento olografo, in mancanza di eredi diretti, che il patrimonio di famiglia fosse destinato a costituire una fondazione «avente per scopo di aiutare e promuovere mediante premi o borse di studio la cultura tecnico-scientifica universitaria dei giovani meritevoli residenti a Milano».
Il motto che Mario Confalonieri aveva scelto per la sua fondazione era ‘civilitas’, il termine con cui il mondo latino classico designava non soltanto la condizione del cittadino e il suo diritto di appartenenza alla civitas romana, ma anche la capacità di guidare rettamente e conservare la società degli uomini.
A pochi mesi di distanza dalla sua scomparsa avvenuta il 21 febbraio 1965, l’esecutore testamentario, l’avvocato Camillo Pradella, costituì con atto del 24 gennaio 1966 a rogito del notaio Cesare Gallavresi, la “Fondazione Fratelli Giuseppe Vitaliano, Tullio e Mario Confalonieri”.
L’iter per ottenere il riconoscimento giuridico della Fondazione durò molti anni e da parte del Ministero della Pubblica Istruzione vennero richieste sostanziali modifiche alla stesura originaria dello Statuto. L'esecutore testamentario, che avrebbe dovuto gestire il compendio patrimoniale per un anno, se ne occupò per oltre dieci anni fino alla sua morte avvenuta il 4 marzo 1977.
Il Tribunale nominò, quindi, Curatore dell'eredità giacente il dott. Airoldi che ricoprì l'incarico dal 16 marzo 1977 al 4 dicembre 1978, data in cui perfezionò le consegne al Prof. Antonio Amorth, primo Presidente della Fondazione.
Nel frattempo, infatti, il 5 agosto 1977 venne pubblicato nella Gazzetta Ufficiale il Decreto del Presidente della Repubblica n. 1074 dell'8 ottobre 1976 che riconosceva la personalità giuridica della Fondazione.
Nei primi anni l’attività del Consiglio di Amministrazione si dovette concentrare sulla gestione del patrimonio della Fondazione e sulla risoluzione di un imponente contenzioso giudiziario e fiscale. Soltanto dal 1984 la lunga e travagliata fase di avvio ebbe termine e la Fondazione, presieduta dal Prof. Anotonio Padoa Schioppa, che ne è stato presidente fino alla fine del 2007, potè iniziare la propria attività istituzionale.
Nell'anno accademico 1985/86 furono assegnate le prime nove borse dell'importo di £. 2.200.000 a dei giovani laureati. Da allora, fino al 2020, la Fondazione ha erogato più di 500 borse per un importo complessivo di oltre sette milioni di euro.
Nel tempo l’attività della Fondazione si è concentrata nell’erogazione di borse per dottorati di ricerca e per ricerche post dottorali.
La Fondazione, in conformità al proprio statuto, ha inoltre assegnato, ogni quinquennio, a partire dal 1987, un premio alla “miglior opera dell’ingegno”.
